Интересует, как програмно реализуют снятие контрольной суммы. А именно: после компиляции мы имеем экзешник. При этом контрольная сумма по нему должна храниться в нём же (и записываться туда при компиляции). Как это реализовать (интересует логика процесса)? Ведь при компиляции побитовое чтение этого экзешника может отличаться от последующего побитового его чтения? А съем суммы и сверение необходимо будет всё время. Кроме того, ему ведь надо будет брать эту сумму из себя, т.е. она где-то в одном и том же месте должна храниться.

Кроме того, при написании отдельного приложения (которое могло бы, к примеру, считывать имеющуюся контрольную сумму или обновлять её) опять же встаёт вопрос: стабильности места размещения этой суммы и алгоритма считывания этой суммы (очевидно, что то место, где хранится она сама обсчитываться не должно, а может быть какие-то ещё места).

В заголовке PE-файла есть поле контрольной суммы. Однако.... как ни забавно, но PE-загрузчик его никак не использует! В подавляющем большинстве файлов это поле просто равно 0. По-видимому, это атавизм, оставшийся от каких-то ранних версий Windows.
Или же смысл снятия контрольной суммы в чем-то ином? Конкретизируй задачу - для чего это надо?

Речь немного не о том. Есть модуль, умеющий снимать контрольную сумму с входного текста и писать её. куда скажут. Но не ясно, как этот модуль разместить в программе.
С одной стороны, если разместить его при компиляции и хранить КС в самом экзешнике, то при просчитывании КС он будет считать и то место, где КС хранится, и саму запись КС, что недопустимо. В принципе, можно организовать затем поиск места в файле, где будет записана КС и автоматически научиться пропускать это место при дальнейших подсчетах КС. Но выглядит это уж больно страшно
Можно разместить рассчет КС отдельно и писать КС куда-нибудь рядом, но как это делают обычно?
Как вообще это всё реализуется?

Я имел в виду - зачем вообще снимать контрольную сумму с экзешника? Какова конечная цель этих сложных телодвижений? Предположим, что мы каким-то таинственным образом научились это делать... И что же дальше?

Планируется, что КС будет сниматься не только по самому экзешнику, но и по набору хранящих в себе конфигурационные и другие настройки файлов, что позволит защитить программу от изменения её параметров, конфигураций и просто от внесения изменений без прав доступа (т.е. извне программы). Однако сейчас вопрос стоит по самому экзешнику, т.к. как это сделать с остальными файлами примерно ясно, а вот как _красиво_ это реализуют с подсчетом "самого себя" - не понятно. Наверняка ведь есть стандарты, обычные методы.
Вообще какие есть обычные методы?

Тогда задача упрощается до безобразия:
1. за час пишешь утилиту командной строки, которая рассчитывает контрольную сумму CRC32 файла (имя передается ей в комстроке) и дописывает эту КС к файлу (+ 4 байта). Алгоритм расчета CRC32 был здесь на Форуме - воспользуйся поиском, Copy & Paste.
2. подключаешь эту утилиту в процесс сборки - напускаешь ее на exe после построения. Не знаю, как это делается в Билдере, а в MSVC есть такой Post Build Event, наверняка есть что-то подобное в BCB.
3. а сама программа для контроля своей целостности должна считать КС исполняемого файла без последнего DWORD'а (4 байта), и сравнивать полученное значение с этим самым последним DWORD'ом. Вуаля!