Собственно вопрос в заголовке.

Что я пробовал сделать:
1. Я пробовал искать эту функцию в настройках проекта - такого не нашёл.
2. Закрыл интерпретатор, переименовал сам файл .vipprj, открыл данный файл, но в менеджере файлов проекта не было половины файлов, в том числе main.pro

Чтобы изменить имя консольного проекта надо:

• придумать зачем это надо, чтобы обосновать причину своего вопроса
• изменить имя файла name.vipprj
• изменить имя файла name.env
• обновить параметр description="name" во второй строчке файла name.vipprj (там, где мы удаляли параметр автоформатирования)

Изначально начал выполнять задание в проекте не с тем названием. Хотелось переименовать проект, чтобы удобнее ориентироваться.
Конечно, можно просто создать новый проект с нужным названием и скопировать туда код из файла main.pro, но... я не могу поверить, что такую функцию не предусмотрели.

Проделал данные манипуляции. Как и говорил выше, после этого в проекте нет половины файлов, почему-то.

Скриншоты:
До
i4.imageban.ru/out/2017/09/14/3549043cf5efcd1abf7d4f1517ede75a.png
После
i2.imageban.ru/out/2017/09/14/c3e885c982fb8fc8f309b304d6ecb0f5.png

Когда-то в 7.5 вроде работало:
При открытии проекта (Project -> Open) правой мышью на нужном проекте.
Пункт меню "Copy and Open"(для открытого проекта дизаблед)
Попросит выбрать папку - имя папки и будет новое имя проекта.Лучше ручками подтереть в новом проекте EXE папочку - оно зачем-то и её копироваЛО.

Сделал. Результат как и в предыдущем случае - проект переименован, НО в менеджере файлов проекта нет половины файлов, в том числе и main.pro, хотя в папки с "новым" проектом они есть.

Visual Prolog 8

файлы *.pro *.cl появятся после построения. Модулями проекта являются только .pack (ну и по мелочи всякие иконки, формы и др ресурсы).

в файле проект.env хранится точки останова, история поиска, какие окна открыты и тп. Его можно и удалить, если не жалко, при открытии проекта он заново образуется (если не было). Сам проект только .vipprj

это всего лишь комментарий к проекту. Необязательно в файле править, можно Menu\Project\Settings... (Alt+F7)\Version Information\Description

Окей.
Открыл тот проект, в котором после копирования "нет" половины файлов, запустил Execute. Консольное приложение запустилось и отработало как надо. Но в менеджере файлов проекта никаких новых файлов не появилось; main.pro как не было, так и нет.

Могу записать видео, где покажу проделанные манипуляции, если это поможет решить проблему.

Просто запустите Menu\Project\Rebuild All (Ctrl+Alt+Shift+B)

Теперь то, что нужно. Спасибо.

что бы не надо было перестраивать, можно ещё переименоввать файл Deb\имяпроекта.bro (не проверял)